All’interno dell’Ordine vi sono diverse Istituzioni con diversi compiti esecutivi.

Il Capitolo Generale costituisce l’organo sovrano dell’Ordine ed è composto da tutti i membri appartenenti al percorso spirituale che dispongono del diritto di partecipazione e di voto.
Nei casi previsti dallo Statuto e dalla Regola, il Capitolo Generale elegge il Gran Priore e provvede inoltre alla nomina dei componenti del Gran Consiglio.
Esso delibera sull’approvazione del bilancio consuntivo e di quello preventivo, sulle eventuali modifiche dello Statuto e della Regola, sulle questioni sottoposte al suo esame dal Gran Consiglio e sulla determinazione della quota associativa annuale dovuta dai membri.
Le deliberazioni adottate dal Capitolo Generale sono vincolanti per tutti i membri dell’Ordine.
Il luogo nel quale si riunisce il Capitolo Generale assume la denominazione di Convento.

Il Gran Consiglio costituisce l’organo esecutivo dell’Ordine ed è eletto dal Capitolo Generale.
I suoi componenti sono scelti esclusivamente tra i Cavalieri e le Dame appartenenti ai gradi di Ufficiale e Grand’Ufficiale e possono essere riconfermati nell’incarico.
Il Gran Consiglio è composto da un numero di membri variabile da tre a undici.
Ciascun componente resta in carica per cinque anni, salvo cessazione anticipata dovuta a revoca, dimissioni o ad altre cause previste dallo Statuto e dalla Regola.
Possono farne parte i Cavalieri Ufficiali, le Dame Ufficiali, i Cavalieri Grand’Ufficiali e le Dame Grand’Ufficiali fino al compimento dell’ottantesimo anno di età.
Al raggiungimento di tale limite, il componente decade automaticamente dall’incarico e deve essere sostituito.
Qualora il componente abbia precedentemente ricoperto la carica di Gran Priore, il limite di età può essere elevato fino a ottantacinque anni, in considerazione dell’esperienza maturata e delle sue riconosciute qualità morali.
Tale proroga è disposta a discrezione degli altri membri del Gran Consiglio.
Il Gran Consiglio comprende almeno il Gran Priore, il Segretario Generale e il Tesoriere Generale.
Di norma, ne fanno parte anche il Gran Priore Vicario, il Gran Cancelliere e uno o più Consiglieri.
Qualora il numero dei componenti del Gran Consiglio sia pari, nelle deliberazioni il voto espresso dal Gran Priore ha valore doppio.

Il Corpo Diplomatico cura e sviluppa i rapporti dell’Ordine con Stati, istituzioni e organismi operanti a livello internazionale.
Fanno eccezione gli Ambasciatori at large, i quali, per la natura stessa del loro incarico, svolgono funzioni itineranti e possono operare in qualunque area del mondo.
Il Corpo Diplomatico si articola inoltre in organismi territoriali denominati Baliaggi, detti anche Consolati Generali, ciascuno dei quali è diretto da un Balivo, indicato anche con il titolo di Console Generale.
Ogni Baliaggio estende la propria competenza territoriale all’ambito di uno Stato e può essere istituito in qualsiasi parte del mondo.
All’interno del Baliaggio, il Balivo può istituire una o più Rappresentanze, quali articolazioni diplomatiche territoriali affidate alla direzione di un Rappresentante, denominato anche Console.

Il Corpo Religioso cura la formazione interiore e spirituale dei membri dell’Ordine ed è presieduto dall’Abate Generale.
Al suo interno operano i Cappellani Generali, i Cappellani Maggiori, i Cappellani e gli Assistenti Spirituali, ciascuno secondo le competenze e le responsabilità proprie dell’incarico ricoperto.
Una funzione distinta è attribuita al Protettore Spirituale, il quale svolge il ruolo di guida e garante morale dell’Ordine, assicurando nel contempo il collegamento istituzionale con le diverse Chiese cristiane.
Possono appartenere al Corpo Religioso esclusivamente ministri di culto e membri del clero appartenenti alle confessioni cristiane.

Il Collegio di Disciplina è un organo dell’Ordine distinto e autonomo nell’esercizio delle funzioni giudicanti e nello svolgimento delle procedure di propria competenza.
Esso è composto da tre membri, un Inquirente e due Consiglieri.
La sua attività principale consiste nella composizione delle controversie sorte tra i membri dell’Ordine, indipendentemente dalla carica o dal grado ricoperto, nonché tra i membri e gli organi dell’Ordine.
Il Collegio di Disciplina opera secondo criteri di competenza, imparzialità e giustizia, senza essere vincolato a particolari formalità procedurali.
Il lodo viene pronunciato «ex aequo et bono, in quantum aequius melius», ossia secondo ciò che appare giusto ed equo, privilegiando la soluzione più conforme ai principi di equità.
Le eventuali misure disciplinari sono adottate nel rispetto di quanto stabilito dalla Regola.

Il Collegio di Verifica e Revisione è un organo dell’Ordine distinto e autonomo nell’esercizio delle funzioni di controllo e nello svolgimento delle procedure di propria competenza.
Esso è composto da tre membri, un Presidente e due Consiglieri.
Il Collegio esamina il bilancio consuntivo e il bilancio preventivo dell’Ordine, verificandone la regolarità e la conformità alle disposizioni vigenti.
In occasione del Capitolo Generale presenta una relazione sui documenti contabili sottoposti alla sua valutazione e riferisce in merito a ogni altra materia rientrante nelle proprie competenze.

Il Servizio di Assistenza Civile, indicato con l’acronimo S.A.C., costituisce una forza di pace impegnata nelle attività di soccorso, sia in tempo di pace sia in situazioni di conflitto.
Esso è composto da membri dell’Ordine e da persone esterne all’istituzione, senza distinzione di sesso, origine etnica, orientamento politico o appartenenza religiosa.
Il S.A.C. si articola in diversi Dipartimenti, ciascuno dei quali svolge funzioni specifiche nell’ambito delle proprie competenze.
Il Servizio di Assistenza Civile opera nel campo della tutela dei diritti umani e presta aiuto e assistenza nei casi di violazione dei diritti civili.
Interviene inoltre nelle emergenze sanitarie, provvede al reperimento e alla distribuzione di materiale medico-sanitario, offre assistenza psicologica nelle situazioni di emergenza e promuove attività di sostegno rivolte alle persone che si trovano in condizioni di bisogno.

L’Alto Commissariato per il Dialogo Interculturale e Interreligioso promuove il confronto tra i popoli e favorisce l’individuazione di valori, principi e obiettivi condivisi.
La libertà religiosa, riconosciuta quale fondamento essenziale delle libertà e dei diritti della persona, trova nel dialogo interreligioso uno strumento concreto di conoscenza reciproca, di superamento dei conflitti e di costruzione della pace.
Per conseguire tali finalità, l’Alto Commissariato svolge attività di educazione interculturale e interreligiosa, promuove iniziative volte a diffondere il rispetto delle diversità culturali e del pluralismo religioso e sostiene la realizzazione di progetti umanitari.
La sua azione mira a favorire la convivenza pacifica, la collaborazione tra comunità differenti e la tutela della dignità umana in ogni parte del mondo.

Il Comitato Scientifico è composto da studiosi ed esperti di riconosciuta autorevolezza, dotati di elevate competenze accademiche e professionali e provenienti da istituzioni, enti e organizzazioni nazionali e internazionali.
Il Comitato individua i temi degli incontri, dei convegni e dei seminari promossi dall’Ordine e ne definisce il relativo programma scientifico.
Favorisce inoltre la realizzazione di iniziative presso università, istituzioni culturali, enti scolastici e altri organismi formativi.
Nell’ambito delle proprie competenze, stabilisce i criteri per l’assegnazione di borse di studio e premi e contribuisce alla progettazione di corsi e percorsi di formazione in ambito universitario, in collaborazione con autorevoli atenei nazionali e internazionali.

Il Comitato d’Onore è l’organismo al quale aderiscono personalità di riconosciuto prestigio provenienti dal mondo imprenditoriale, culturale e dalle istituzioni nazionali e internazionali.
Esso ha il compito di sostenere, valorizzare e promuovere le iniziative di maggiore rilievo realizzate dall’Ordine, contribuendo ad accrescerne l’autorevolezza e la visibilità in ambito nazionale e internazionale.

L’Academia Iuvenum Militum Christi riunisce giovani di entrambi i sessi, di età compresa tra i quindici e i ventisette anni, denominati Cruciferi.
L’attività dell’Academia è finalizzata a favorire la crescita culturale, morale, spirituale e sociale dei giovani.
A tale scopo, essa promuove iniziative multidisciplinari, percorsi formativi e occasioni di incontro rivolti ai propri membri.
Il motto dell’Academia è «Ab Origine Fortes», ossia «Forti sin dal principio».