All’interno dell’Ordine vi sono diverse Istituzioni con diversi compiti esecutivi.

Organo sovrano dell’Ordine è il Capitolo Generale, costituito da Cavalieri/Dame Ufficiali e Cavalieri/Dame Grand’Ufficiali, aventi diritto di partecipazione e di voto.
Il Capitolo Generale elegge il Gran Priore nei casi previsti dallo Statuto e dalla Regola, elegge i componenti del Gran Consiglio, delibera sull’approvazione del bilancio consuntivo e preventivo, delibera sulle modifiche dello Statuto e della Regola, delibera sulle questioni sollevate dal Gran Consiglio e fissa la quota annuale per i membri.
Le decisioni prese dal Capitolo Generale sono impegnative per tutti i Membri dell’Ordine. Il luogo in cui si tiene il Capitolo Generale è denominato Convento.

Il Gran Consiglio è l’Organo esecutivo dell’Ordine.
E’ eletto dal Capitolo Generale, i suoi Membri possono essere scelti esclusivamente tra i Grand’Ufficiali dell’Ordine e possono essere rieletti.
Il numero dei Membri del Gran Consiglio può variare da tre a undici.
I Membri del Gran Consiglio restano in carica quattro anni, salvo revoca o dimissioni.
Possono far parte del Gran Consiglio i Cavalieri e Dame Grand’Ufficiali sino all’età di ottanta anni; al compimento dell’ottantesimo anno di età, il Membro del Gran Consiglio decade automaticamente e dovrà essere sostituito.
Nel caso si tratti un Membro del Gran Consiglio che abbia già ha ricoperto l’incarico di Gran Priore, in virtù della sua elevata esperienza e della sua altissima moralità, il limite di età può essere elevato sino a ottantacinque anni, a discrezione degli altri Membri del Gran Consiglio.
Il Gran Consiglio è composto dal Gran Priore, dal Gran Priore Vicario, dal Segretario Generale, dal Gran Cancelliere, dal Tesoriere Generale e da uno o più Consiglieri.

Il Corpo Diplomatico si occupa di intrattenere rapporti diplomatici con Stati ed Istituzioni particolari nel mondo.
A parte gli Ambasciatori at Large, che per loro stessa definizione sono itineranti e possono agire in ogni parte del mondo, il Corpo Diplomatico è strutturato con organismi definiti, denominati Baliaggi, strutture diplomatiche dirette da un Balivo, detto anche Console Generale.
I Baliaggi corrispondono, come estensione territoriale, ad uno Stato e possono essere aperti in ogni parte del Mondo.
Il Balivo può aprire, all’interno di una Baliaggio, le Rappresentanze, unità territoriali diplomatiche, rette da un Rappresentante, detto anche Console.

Il Corpo Religioso si occupa della formazione interiore spirituale dei Membri ed è presieduto da un Abate Generale.
Altri incarichi in seno al Corpo Religioso sono i Cappellani Generali, i Cappellani Maggiori, i Cappellani e gli Assistenti Spirituali. Possono far parte del Corpo Religioso esclusivamente religiosi appartenenti a Religioni Cristiane.

Il Collegio di Disciplina è un Organismo dell’Ordine separato e autonomo nei giudizi e nelle procedure a lui competenti.
È composto da tre persone, un Inquirente e due Consiglieri.
L’attività principale del Collegio di Disciplina è la ricomposizione delle controversie sorte tra membri dell’Ordine, a qualsiasi carica o grado essi appartengano, e tra gli Organi dell’Ordine e i Membri dello stesso.
Il Collegio di Disciplina giudica con perizia e giustizia, senza formalità di procedure e il lodo, “ex aequo et bono, in quantum aequius melius” (secondo ciò che è giusto ed equo, in quanto è meglio che sia più giusto), viene emesso applicando misure disciplinari secondo quanto previsto dalla Regola.

Il Collegio di Verifica e Revisione è un Organo dell’Ordine separato e autonomo nei giudizi e nelle procedure a lui competenti.
È composto da tre persone, un Presidente e due Consiglieri.
Il Collegio di Verifica e Revisione svolge la relazione durante il Capitolo Generale in merito al bilancio consuntivo e al bilancio preventivo e quanto gli è dovuto di competenza.

Il Servizio di Assistenza Civile, abbreviato con l’acronimo S.A.C. è una forza di pace per il soccorso sia in tempo di pace che in tempo di guerra, costituito da Membri appartenenti all’Ordine e da persone ad esso esterne, senza distinzione di sesso, razza e credo politico.
Il S.A.C. è suddiviso in Dipartimenti, aventi ognuno una funzione specifica.
Il Servizio di Assistenza Civile si occupa di diritti umani, aiuto e assistenza in caso di violazione di diritti civili, emergenze sanitarie e richiesta di materiale sanitario, assistenza psicologica di emergenza e attività di supporto per le persone bisognose.

L’ Alto Commissariato per il Dialogo Interculturale e Interreligioso si occupa di affrontare le differenze tra i Popoli e di ritrovare i punti di incontro; così come la libertà religiosa è giustamente considerata il fondamento di ogni libertà e diritto, il dialogo interreligioso è al tempo stesso il modello e la messa in pratica di ogni forma di dialogo che miri al superamento dei conflitti e al ristabilimento della pace.
Per raggiungere il proprio scopo, l’Alto Commissariato svolge attività di Educazione interreligiosa ed Educazione interculturale e si prefigge la realizzazione di iniziative volte a favorire il rispetto delle diversità culturali e del pluralismo religioso nel Mondo e la realizzazione di progetti umanitari.

Il Comitato Scientifico è formato da esperti con competenze accademiche e professionali, provenienti da Istituzioni, enti, società nazionali ed internazionali, di chiara fama.
Il Comitato si occupa di definire i temi dei vari incontri e seminari, definire il programma scientifico, promuovere iniziative all’interno di Università ed Istituzioni culturali, scolastiche e non, definire i criteri di aggiudicazione di borse di studio e premi, definire i corsi in ambiente universitario, in accordo con le principali Università nazionali ed internazionali.

Il Comitato d’Onore è l’organismo a cui aderiscono prestigiose personalità del mondo delle imprese, della cultura e delle istituzioni nazionali e internazionali.
Il Comitato d’Onore ha lo scopo di sostenere e promuovere le attività più importanti dell’Ordine.

L’Academia Iuvenum Militum Christi è costituita da giovani, maschi e femmine, dai 15 ai 27 anni, denominati Cruciferi.
L’attività dell’Academia è volta ad accrescere lo sviluppo culturale, morale, spirituale e sociale dei giovani; a tale fine, l’Academia si propone di creare iniziative multidisciplinari per i suoi Membri.
Il motto dell’Academia è: Ab Origine Fortes (Forti sin dal Principio).